Di kejauhan Antartika, sekitar seratus lima puluh kilometer dari lepas pantai, ditemukan sebuah kapal selam yang diduga merupakan milik Nazi. Kapal tersebut mencuat dari suatu struktur yang terkubur dalam sebongkah gunung es. Para ilmuwan dari Immari gempar, mereka menduga struktur tersebut adalah Kota Atlantis yang hilang.
Di tempat lain, seorang mantan agen CIA, David Vale, mendapat pesan bersandi yang memuat informasi tentang rencana serangan teroris bernama Protokol Toba. Dengan petunjuk itu, ia berangkat ke Jakarta. Bersama organisasi antiteroris tempatnya bekerja sekarang, Menara Jam, ia menyelidikinya. Penyelidikan tersebut membawa David bertemu Kate Warner, ahli genetis brilian yang sedang mencoba mengobati autisme.
Dua dari subjek penelitian Kate diculik oleh Immari. Organisasi itu menduga bahwa Kota Atlantis yang ditemukan itu berisi manusia-manusia Atlantis yang sedang berhibernasi dan menunggu waktu yang tepat untuk terbangun. Satu-satunya jalan keluar untuk mencegah kepunahan umat manusia dari ancaman manusia Atlantis adalah dengan menemukan Gen Atlantis.
Apakah hal itu membuat Jakarta dalam bahaya? Bagaimana kaitan semua itu dengan Kate dan David, begitu pula Protokol Toba? Dan benarkah manusia Atlantis akan terbangun untuk memusnahkan umat manusia?