Sebuah toko game baru, Black Clown, dibuka di kota Domino. Karena sangat menarik, Yugi dan kawan-kawan memutuskan untuk ikut mengantri guna mendapatkan game baru D.D.D.
Namun, ada hal yang tak diketahui Yugi, bahwa pemilik Black Clown adalah ayah Ryuji Otogi, siswa baru di kelas Yugi, yang memiliki ambisi sangat besar untuk mengalahkan Yugi dan meraih predikat sebagai pemilik Millennium Puzzle yang baru!
Sementara itu, Kaiba menemukan sebuah kenyataan mengejutkan terkait ‘masa lalu’ dia dan Yugi...