Runa, seorang gadis misterius muncul di depan Ryoga! Ryoga yang tiba-tiba ditantang duel olehnya, berhasil menang dan mendapat kekuatan baru. Di sisi lain, Yuma dan kawan-kawannya harus menghentikan ambisi Dr.Faker, klub pengumpul Numbers dimulai secara formal, tapi...!?