Kisah ini terjadi di masa depan yang tidak begitu jauh…
Manusia kalah dalam pertempuran melawan virus misterius yang disebut, “Gastrea”. Umat manusia hidup dalam keputusasaan sambil diselubungi rasa takut oleh sosok Gastrea.

Pada suatu hari, Rentaro Satomi mendapat misi untuk mencegah bahaya yang mengintai area Tokyo. Apa yang akan dilakukan Rentaro saat ia mengetahui bahwa orang-orang yang hendak ia lindungi ternyata melakukan kejahatan yang keji? Ditambah lagi, Rentaro harus berhadapan dengan musuh kejam yang menginginkan musnahnya umat manusia, Kagetane Hiruko!