Di suatu tempat di masa depan, di mana umat manusia telah dikalahkan oleh virus parasit bernama Gastrea. Manusia telah tersingkir dan terpaksa hidup di dalam perasaan putus asa berdampingan dengan rasa takut.
Di dunia yang terjebak di dalam kegelapan-
Seorang remaja bernama Rentarou yang hidup di Tokyo, adalah seorang "Petugas Sipil", sebuah organisasi yang khusus menangani Gastrea, ditugasi sebuah tanggung jawab yang berat. Rekannya adalah Enju, seorang gadis kecil yang penuh dengan semangat. Mereka bertarung dengan Gastrea berkat kemampuan unik mereka masing-masing. Hingga suatu saat mereka mendapatkan tugas dari pemerintah. Misinya sendiri adalah misi rahasia untuk melindungi Tokyo dari bencana kehancuran.