“KH. Ali Mustafa Yaqub itu dulu Wakil Ketua Komisi Fatwa (MUI), jadi beliau memang orang yang kritis. Dan dalam memahami bebagai fatwa itu sangat siap dengan berbagai dalil dan landasan disiplin keilmuan. Karena beliau memang ahli hadits, jadi ber-nash kalau menyampaikan sesuatu. (KH. Ma’ruf Amin, Ketua MUI Pusat)

“Yang kadang kala diperlukan dalam menghadapi masalah-masalah yang dihadapi Umat Islam.”Beliau menguasai sumber-sumber ajaran Islam, Alquran dan Hadits, serta responsive terhadap masalah-masalah yang dihadapi umat Islam.” (Prof. Dr. Din Syamsuddin, Ketua Dewan Pertimbangan MUI Pusat )

“Beliau sangat tegas, tak tak ada kompromi terhadap kebatilan. Beliau juga tega terhadap aliran sesat. Makanya dengan wafatnya beliau, kami merasa kehilangan.” (KH. Tengku Zulkarnain, Wakil SEkjen MUI Pusat).