Era Bakumatsu, 250 tahun sejak zaman Sengoku, zaman di mana shinobi sangat berperan aktif. Keshogunan memberi perintah pada shinobi terakhir di Jepang. Perintah itu adalah “menyusup masuk ke Kapal Hitam”! Walaupun sudah terlupakan dan dianggap ketinggalan zaman, sang shinobi tetap menerima misi sangat rahasia yang menyangkut masa depan Jepang, yang nantinya akan tertulis dalam fakta sejarah. Shinobi terakhir Jepang yang hidup di era Bakumatsu. Namanya adalah Jinzaburo Sawamura (58 tahun)!